انتخب مستشارًا للرهبنة عدة مرات، ثم صار رئيسًا للآباء الفرنسيسكان بمصر (1989 – 1998)، وفي سنة 2000، عُيّن أمينًا عامًا لمجلس البطاركة والأساقفة الكاثوليك بمصر، ثم عُين راعيًا لكنيسـة سيـدة الكرمل في بولاق أبو العلا بالقاهرة سنة 1999، وهو المنصب الذي ظل فيه إلى سنة 2009.

نُصِّب زكي مطرانًا (نائبًا رسوليًا) للاّتين بمصر في 31 أكتوبر 2009، وذلك بكنيسة سان چوزيف بالقاهرة.